農業経済学，農業市場学。食料・農産物の地産地消と食育に関する研究，農業・農村の６次産業化，都市農村交流に関する研究。

森林・林業・木材産業に関する社会科学的研究（法制度・経済政策・歴史・自然保護・山村問題）。国有林および森林資源の公的管理問題。欧米をはじめとする諸外国における森林管理の比較分析。森林認証制度の現状と課題。

森林経済学・自然資源経済学，数理モデル・シミュレーションモデルを用いた経済・政策分析, 森林管理最適化。

園芸学・造園学，育種学。花卉園芸作物の遠縁交雑育種に関する研究，斑入り植物の発現に関する研究。

園芸学・育種学。野菜の育種に関する研究, ナスの雄性不稔に関する研究。

育種学，作物学・雑草学。稲の耐塩性に関する研究，ハイブリッドライスの育成および物質生産に関する研究。

病原真菌学。イルカの日和見および高度病原性真菌症の診断，治療，疫学および動物の真菌症。

農業経済学，農業市場学をベースに，農畜産物流通，市場制度，食品ロス・食品廃棄物問題など，循環畜産の持続に関わる社会科学的な研究に取り組んでいる。

沖縄県で発生する未利用資源である泡盛粕やトウフ粕等の養豚用飼料としての有効利用に関する研究。

Field crop production, Plant Ecology and Physiology, Weed science and herbal plant science, Soil, fertilizer and herbicide management, 環境保全型農業, ウコン品種開発・商品開発に関する研究。

芝生の生理・生態的特性の研究，道路雑草の防除に関する研究，緑地が人の心身の健康に与える影響，園芸福祉に関する研究。

森林ツーリズム・レクリエーション学，文化的景観形成・保全，ホームガーデンに関する研究。

沖縄島北部・やんばる地域の森林管理に関する研究を中心に，屋久島・ヤクスギ林の長期林分動態解明などにも取り組んでいる。

暖地型牧草の周年栽培を基盤とする家畜生産（肉用牛・肉用ヤギ・肉用豚）に関する実用研究。

作物の光合成とバイオマス生産，バイオエネルギー，沖縄型植物工場に関する研究を行っている。

未知病害の原因解明や拮抗微生物および未利用植物を活用した環境配慮型防除技術の開発を行っており，特に熱帯作物類の病害や線虫病（土壌線虫病、マツ材線虫病）を研究対象としている。

熱帯作物の植物ウイルス病害の防除を目指した診断・防除技術の開発を目指し，植物とウイルス間の相互作用の基礎的知見を分子生物学的手法を駆使して探求している。

植物生産能のソース・シンク関係，環境ストレスに対する植物応答および沖縄県在来の作物栽培の研究を行っている。

沖縄在来豚アグー及びウシの生殖細胞における凍結保存の研究，また，体外でのブタやウシの正常受精卵作出に関わる卵胞卵の体外成熟ならびに体外受精に関する研究を行っている。

黒毛和種で発生する胎子や子牛死亡など遺伝的不良形質の原因をゲノム科学の手法を用いて特定するとともに、これらの発症の生理的メカニズムを解明し、農家が安心して黒毛和種を生産できるよう研究を行っている。

組織学，発生生物学に関する研究、特に胚着床・胎盤形成における子宮と胚の相互作用についての研究を行っている。

未利用資源を活用した自家製育成用飼料を用いた子ヤギの育成と成長特性の解明に関する研究, 採食量の調節メカニズムの解明に関する研究を行っている。

亜熱帯樹木の開花結実，種子生産における繁殖資源の配分などの繁殖整理や種子散布などの繁殖生態に関する基礎研究，および亜熱帯常緑林の天然更新や針広混交林化による生物多様性の高い森林再生に関する応用研究を行っている。

樹木の生理生態や森林生態系の物質やエネルギーの循環に関する研究を行っている。

森林を含む流域内での気象，土砂災害等の自然的条件ばかりでなく，経済，文化等の社会的条件による複合的な食料，水，健康等への危機に対する総合リスクマネージメントに関する研究を行っている。

琉球列島におけるマングローブや森林植物・緑化造園木の病害や内生菌類に関する研究を行っている。

持続的で環境保全型な食料生産技術の確立に関する研究について植物生理・生態学をベースに行っている。

土壌有機物の性質や機能に関する研究および農耕地の土壌改良，森林地の炭素循環，土壌生成の研究も行っている。

社会性昆虫類の進化，行動，生態に関する基礎研究，および稀少昆虫，外来種を題材にした保全生態学的研究を行っている。

昆虫及び魚類の捕食回避や性選択に関連する内容を中心に，行動生態学的研究を行っている。また，外来魚や検疫害虫を対象とした保全生態学・応用昆虫学的研究を行っている。

近赤外分光法（NIR）によるサトウキビの品質評価やマンゴー栽培支援のシステム開発など光を利用した農産物の品質情報収集とその解析・評価技術の研究・開発を行っている。

ICT（情報通信技術）を活用し，沖縄や亜熱帯地域の農業生産情報を収集・解析することで，農家の暗黙知（知恵・技能）を形式知（数値・文字化）とし栽培管理の最適化を目指す研究。

数理・工学的アプローチを通じた亜熱帯における農業生産システムの効率化・高度化，作物・農産物と機械との相互作用に基づく最適設計，データ駆動型アプローチによる農業生産システムにおける異常検知および安全性の向上に関連した研究を行っている。

環境水文学，農業流域における物質循環の解析。

基礎地盤を対象とした地盤材料の力学シミュレーション技術の開発。

シルト・粘土粒子の輸送現象に関する実験水理学的解析。

農村と農地の整備・保全に関する研究を行っている。具体的には土の強さの開発メカニズム，地すべりや斜面の安定度評価，土の侵食抑制，地域性を加味した整備のテーマに取り組んでいる。

農村地域での資源循環システムの構築に関する研究を行っている。資源循環システム全体を俯瞰した計画論や資源循環システムを構成する個々のバイオマス変換・利用技術の開発などに取り組んでいる。

農村地域の防災に関する研究を行っている。特に，土や堆積物の物性，浸透性および強度の特性を理解・解明することを目的としている。

陸と海が地下水を介して接している沿岸域の水環境の保全と農村環境保全を目標に，琉球石灰岩分布地域における地下水流動や物質輸送特性について研究を実施している。

植物や海藻の細胞壁多糖を食品素材，化粧品素材，バイオ燃料等の様々な用途へ利用するための研究を行っている。特に用途開発の鍵となる糖加水分解酵素の探索や酵素の構造と機能について研究を行っている。

木質科学，応用きのこ学。沖縄地方の地域振興に寄与することを目的に特用林産物，特に亜熱帯性食用薬用きのこの生理・生態，栽培に関する研究を行っている。

陸上植物や海藻から細胞壁多糖を抽出し，その構造を決定するとともに，多糖類の生合成の仕組みや生物学的機能を決定する。さらに，多糖を産業利用する応用研究も行っている。

ギンネム・オジギソウの持つミモシンと呼ばれる物質の合成や分解に関わる酵素・遺伝子，およびその物質が細胞・個体に与える影響等について調べます。

天然物有機化学、創薬・農薬化学。亜熱帯沖縄由来の未・低利用な生物資源より、新たな医薬品や農薬等の開発に結びつく有用な天然生物活性物質（低分子有機化合物）の取得を目指している。

熱帯・亜熱帯の野菜や果物の食品機能性成分の評価や定量分析，活性物質の分離，構造解析，その他サトウキビの食品機能や安全性についても広く研究している。

ヒトの健康増進に資する亜熱帯生物資源の探索とその寄与成分と発現機序の解明を行い、それらを高度利活用化した産業応用を目指している。

亜熱帯生物資源の食品加工を通じて，物理化学的な特性や生態調節機能の変化を探り，実用的な食品利用加工方法の開発を行っている。

酢酸菌の生理学的特徴と代謝変換機構・耐熱性獲得機構の解析、黒麹菌と泡盛酵母の分子生物学的解析、ならびにピロロキノリンキノン（PQQ）の生合成機構の解析。

応用微生物学および蛋白質工学。泡盛醸造に係わる微生物及びその酵素の研究，乳酸菌及びその増殖因子の研究，植物の生体防御蛋白質の構造と機能に関する研究を行っている。

沖縄の伝統発酵食品『とうふよう』製造に用いられる紅麹菌がつくる生理活性物質や酵素に関する研究，ならびにピロロキノリンキノン（PQQ）の生理機能解明に関する研究を行っている。

泡盛・焼酎醸造に用いられている黒麹菌の分子生物学研究に必要な技術基盤の開発と、それらを用いた応用育種を通して、泡盛・焼酎業界の発展や他産業への黒麹菌の有用活用法の創生を目指している。

泡盛醸造に係わる微生物とその酵素の研究，抗カビ活性を示す酵素の探索・機能解析に取り組んでおり，並びに酵素の立体構造と機能の相関性の解明を目指している。

沖縄特産物を中心として亜熱帯食素材のフレーバー成分および機能性成分の分析や評価，またそれらの成分と加工法との相関や新たな加工利用について研究している。

実践的な栄養士業務のあり方を示す「給食管理」，さらに学校給食を活用した郷土料理・沖縄の食文化の継承や幼児期～思春期までの発達段階に応じた食育について研究を行っている。

食物中難消化性成分の消化管に対する生理的作用と, 腸内細菌の代謝物を介したヒトの生活習慣病の予防・改善の可能性について, 主にモデル動物を用いて研究を行っている。

島ヤサイ等の沖縄産農産物を中心にメニュー開発を行い、それらの官能評価や機能性成分分析について研究を行っている。さらに、これらの食材を活用して食育に繫がるような栄養指導も実施している。

熱帯・亜熱帯地域の食資源における美味しさに関する研究，特に香り成分における嗜好特性を加工・調理へ活用する研究を行っている。

亜熱帯生物の持つ有用遺伝子や有用物質を利活用して環境保全やヒトの健康促進に関する研究，特に“脂質”に関わる生理活性や遺伝子に焦点をあてた研究を行っている。

マングローブ植物やマメ科植物などの熱帯植物を対象に，系統，分類，進化，生態に関する基礎研究，および，農林環境維持に関する保全生物学的研究を行っている。

西表島を中心にとして、世界に分布するマングローブを対象として研究を進めている。近年では次世代シーケンサーを活用し、世界の主要なマングローブ樹種の網羅的機能遺伝子発現プロファイルデータベースの作成や（科研基盤B）、ドローンを用いた台風攪乱からのマングローブ生態系修復過程の研究を進めている（挑戦的萌芽研究）。

亜熱帯生物の持つ遺伝資源を利活用したヒトの健康促進に関する研究を行っている。特にガンや肥満などの生活習慣病を改善できる有用生物資源の探索と，その機能解明に関する研究を進めている。